74 lines
2.6 KiB
Markdown
74 lines
2.6 KiB
Markdown
# calc-utils
|
||
|
||
个人使用的计算化学工具集，主要基于 [ASE (Atomic Simulation Environment)](https://wiki.fysik.dtu.dk/ase/) 和 [RDKit](https://www.rdkit.org/)。
|
||
|
||
包含了一些方便的转换工具，以及针对特定服务器环境（PBS/Slurm/Custom）定制的 `ase.calculators.gaussian` 补丁。
|
||
|
||
专用软件，`futils.gaussian`在不同服务器环境中无法直接运行，必须予以修改。
|
||
|
||
## 安装
|
||
|
||
需要 Python 3.12+。
|
||
|
||
```bash
|
||
git clone https://github.com/your-repo/calc-utils.git
|
||
cd calc-utils
|
||
pip install .
|
||
```
|
||
|
||
## 功能模块
|
||
|
||
### 1. `futils.gaussian` (**Breaking Change**)
|
||
|
||
这是一个对 `ase.calculators.gaussian` 的深度定制和 Monkey Patch。
|
||
|
||
**注意：导入此模块会直接修改 `ase.calculators.gaussian` 中的类定义。**
|
||
|
||
主要修改内容：
|
||
- **强制任务提交脚本**：计算器的 `command` 默认被设置为调用 `gsub_wait` 脚本。
|
||
- 默认路径硬编码为 `/home/fanhj/calcs/lele/tools/gsub_wait`（需要在 `futils/gaussian.py` 中按需修改 `GSUB` 变量）。
|
||
- **文件后缀变更**：输入文件使用 `.gin` 而非 `.gjf`，输出文件默认读取 `.out`。
|
||
- **参数增强**：`__init__` 方法提供了更详细的 Type Hinting 和默认参数（如 `mem="30GB"`, `proc=32`）。
|
||
- **辅助方法**：增加了 `mod()` 方法用于快速复制并修改计算器参数。
|
||
|
||
```python
|
||
from futils.gaussian import Gaussian
|
||
from ase import Atoms
|
||
|
||
# 使用定制后的 Gaussian 计算器
|
||
# 注意：这会尝试调用 gsub_wait 提交任务
|
||
calc = Gaussian(label='test_calc', method='B3LYP', basis='6-31G(d)')
|
||
```
|
||
|
||
### 2. `futils.rdkit2ase`
|
||
|
||
提供 RDKit 分子对象 (`rdkit.Chem.Mol`) 与 ASE 原子对象 (`ase.Atoms`) 之间的无缝转换，**保留 3D 坐标**。
|
||
|
||
```python
|
||
from futils.rdkit2ase import MolToAtoms, AtomsToMol
|
||
from rdkit import Chem
|
||
|
||
# RDKit -> ASE
|
||
mol = Chem.MolFromMolFile("molecule.mol")
|
||
atoms = MolToAtoms(mol)
|
||
|
||
# ASE -> RDKit
|
||
new_mol = AtomsToMol(atoms)
|
||
```
|
||
|
||
### 3. `futils.rdkit_utils`
|
||
|
||
一些 RDKit 绘图辅助函数。
|
||
- `draw2D(mol)`: 生成 SVG 格式的 2D 分子图。
|
||
- `draw3D(mol)`: 使用 IPythonConsole 绘制 3D 分子图。
|
||
|
||
## 脚本工具 (`bin/`)
|
||
|
||
本项目包含了一些用于任务提交管理的 Shell 脚本，适用于特定的集群环境。
|
||
|
||
- **`gsub`**: 任务提交脚本。支持本地或通过 SSH 远程提交到名为 `cluster` 的主机。
|
||
- **`gsub_wait`**: 提交任务并阻塞等待完成，用于 ASE Calculator 的 `command` 调用，以便实现 Python 脚本的同步执行。
|
||
|
||
**配置说明**：
|
||
使用前请检查 `bin/` 下的脚本以及 `futils/gaussian.py` 中的 `GSUB` 路径，根据您的服务器环境进行调整。
|