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calc-utils

个人使用的计算化学工具集，主要基于 ASE (Atomic Simulation Environment) 和 RDKit。

包含了一些方便的转换工具，以及针对特定服务器环境（PBS/Slurm/Custom）定制的 ase.calculators.gaussian 补丁。

专用软件，futils.gaussian在不同服务器环境中无法直接运行，必须予以修改。

安装

需要 Python 3.12+。

git clone https://github.com/your-repo/calc-utils.git
cd calc-utils
pip install .

功能模块

1. futils.gaussian (Breaking Change)

这是一个对 ase.calculators.gaussian 的深度定制和 Monkey Patch。

注意：导入此模块会直接修改 ase.calculators.gaussian 中的类定义。

主要修改内容：

• 强制任务提交脚本：计算器的 command 默认被设置为调用 gsub_wait 脚本。
  • 默认路径硬编码为 /home/fanhj/calcs/lele/tools/gsub_wait（需要在 futils/gaussian.py 中按需修改 GSUB 变量）。
• 文件后缀变更：输入文件使用 .gin 而非 .gjf，输出文件默认读取 .out。
• 参数增强：__init__ 方法提供了更详细的 Type Hinting 和默认参数（如 mem="30GB", proc=32）。
• 辅助方法：增加了 mod() 方法用于快速复制并修改计算器参数。

from futils.gaussian import Gaussian
from ase import Atoms

# 使用定制后的 Gaussian 计算器
# 注意：这会尝试调用 gsub_wait 提交任务
calc = Gaussian(label='test_calc', method='B3LYP', basis='6-31G(d)')

2. futils.rdkit2ase

提供 RDKit 分子对象 (rdkit.Chem.Mol) 与 ASE 原子对象 (ase.Atoms) 之间的无缝转换，保留 3D 坐标。

from futils.rdkit2ase import MolToAtoms, AtomsToMol
from rdkit import Chem

# RDKit -> ASE
mol = Chem.MolFromMolFile("molecule.mol")
atoms = MolToAtoms(mol) 

# ASE -> RDKit
new_mol = AtomsToMol(atoms)

3. futils.rdkit_utils

一些 RDKit 绘图辅助函数。

• draw2D(mol): 生成 SVG 格式的 2D 分子图。
• draw3D(mol): 使用 IPythonConsole 绘制 3D 分子图。

脚本工具 (bin/)

本项目包含了一些用于任务提交管理的 Shell 脚本，适用于特定的集群环境。

• gsub: 任务提交脚本。支持本地或通过 SSH 远程提交到名为 cluster 的主机。
• gsub_wait: 提交任务并阻塞等待完成，用于 ASE Calculator 的 command 调用，以便实现 Python 脚本的同步执行。

配置说明： 使用前请检查 bin/ 下的脚本以及 futils/gaussian.py 中的 GSUB 路径，根据您的服务器环境进行调整。